Das Verdeck sollte normal ruhig sein. Würde ich mal vorsichtshalber checken lassen.
Ich glaube nicht, dass man die Warnungen "wegprogrammieren" kann. Töne und i-Stop kann man über separate Schalter links ausschalten (muss man bei jedem Motorstart machen). Spurwechselwarner durch Trackmodus-Taste (Empfehlung nur bei trockener Straße).
Hakelige Gänge würde ich beobachten, habe ich auch ab und zu bei Gang 1 und 2. Getriebeprobleme sind wohl leider beim ND3 auch immer noch ein Thema, aber es ist noch unklar, ob es so schlimm wie bei den 2023er ND2 wird.
Als Navi würde ich nur Google Maps via Android Auto nehmen, nicht das Mazda Navi.
Die MyMazda-App kannst Du beim MX-5 vergessen. Im Gegensatz zu unserem CX-5 werden weder Standort noch Tankinhalt, Kilometerstand oder Fahrzeugstatus angezeigt.