Ich konnte mein Problem gestern nach einiger "basic research" über den Verlauf der Entwässerung beim RF vorerst lösen. Vorerst, da es für das Problem m.E. nach keine einfache Lösung gibt, die es dauerhaft beseitigen könnte - dafür müsste man die komplette "Einrichtung" unterhalb der Gurtrollen etc. auseinanderbauen und den Übergang der Entwässerung (Schläuche, oberer, freiliegender Teil) in den unteren (Becken mit komplett verdecktem Schlauch / Plastikrohr (?) / Ablauf unter dem Fzg.) umbauen bzw. in erster Linie schlüssig abdichten...
Zur Funktionsweise der Entwässerung im RF: Das Wasser wird an der Heckscheibe über die kleinen Trichter gefasst und fließt durch zwei U-förmige, elastische Schläuche in ein ca. 15 cm langes Plastikrohr, das unten offen ist. Die Schläuche kann man vom Plastikrohr einfach abziehen, die sind nur geklipst - mit Druckluftpuster kann man hier klar Schiff machen und evtl. angesammelten Kleinkram (Samen etc.) einfach rausblasen. Dito für das untere Plastikrohr. Darunter wird es schwierig, da man, um da ranzukommen, die hintere Verkleidung im Innenraum unterhalb des Gurtes abbauen muss (alles nur geklipst). Selbst dann kommt man aber nur mit spitzen Fingern an das unter dem Plastikrohr liegende "Becken" mit ca. 5 cm Durchmesser, wo das Wasser aus dem ca. 2 cm darüber endenden Rohr einfach reinplätschert! Daneben laufen zig Elektronikkabel und das Wasser plätschert dort fröhlich herum - wer bei Mazda hat sich denn das ausgedacht? Wenn das Becken oder der darunterliegende Ablauf verstopfen, läuft das Wasser einfach aus dem Becken mit ca. 2 cm Randhöhe raus und fließt dann hinter dem Fahrersitz in den Innenraum - das war mein Problem!
Aus dem runden "Becken" kann man groben Müll (Blätter, Äste etc.), die aus dem darüberliegenden Verdeckkasten darin gelandet sind, mit Pinzette ode Fingerspitzengefühl entfernen. Feineres fällt allerdings durch ein Gitter / Sieb (?) mit mindestens ca. 0,5 cm Maschenweite in das darunterliegende Rohr / den Schlauch? Hier kam ich nur mit einem kleinen Plastik-Hohlrohr (von so einer Sprühflasche) weiter, welches ca. 20 cm weit einführbar ist. In meinem Fall merkte man dort unten starken Widerstand, der sich wie verkantete Hinternisse anfühlte. Mit viel Herumgeschiebe des Plastikrohrs und etwas Druckluft konnte ich etwas davon lösen, sodass wieder eine Wasserwegigkeit entstand und mein Problem, wie gesagt vorerst, gelöst ist. Wenn sich in dem Röhrchen wieder etwas verkantet oder oben der Filter zugesetzt ist, geht es wohl wieder los.
Unter dem Wagen entwässert das ganze dann über die angesprochene Gummi-Rückschlagklappe, die in einer roten Plastikfassung auf der Innenseite des linken Längsträgers ziemlich weit oben sitzt (s. Fotos unten). Diese war bei mir allerdings frei und funktionsfähig, trotz Unterbodenschutz rundherum. Um von unten da heranzukommen sollte man übrigens zunächst ein Plastik-Schutzteil abbauen, das mit 4xM10 befestigt ist. Auf der rechten Fahrzeugseite ist dieses Loch mit einem schwarzen Plastikclip zugemacht - wo das Wasser hier austritt, gute Frage - auch links oder über ein anderes Rohr direkt hinten am Stoßfänger (meine Vermutung, aber bitte forscht gern weiter!).
Fazit: Das größte Problem ist anscheinend Dreck, der sich im Verdeckkasten sammeln kann und dann durch Wind / Kurvenfahrt / Gravity in dem kleinen Ablaufbecken landet und dieses entweder direkt verstopft oder durch das Sieb darin in das darunter liegende Rohr / den Schlauch fällt. Der obere Teil der Entwässerung (U-Schlauch, oberes Plastikrohr) dürfte dagegen mit einer kleinen Bürste oder Luftdruck recht leicht zu reinigen sein. Vom Durchmesser her passt dort auch kaum etwas durch, was weiter unten zu einer versteckten Verstopfung führen könnte. Also immer schön den Verdeckkasten sauber halten oder am besten gar nicht erst offen fahren! 
Schwarzer Plastikdeckel rechts (zwischen Fahrwerksträger und Benzinschlauch, mittig):
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Roter Ablauf links, nach Entfernen des Plastik-Schutzteils am Unterboden:
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Roter Ablauf mit Gummiklappe im Detail, darin steckt mein weißes Plastik-Hohlrohr:
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Daher wird die einzig sinnvolle Lösung wohl wirklich öfteres Aussaugen des Verdeckkastens sein. Ein zusätzliches, feineres Sieb müsste direkt unten über der Badewanne sitzen, aber ich denke das wird schwierig, das schlüssig anzupassen/abzudichten, so zerklüftet wie die Ecken da teils sind...