Ich habe mir das dann mal genauer angeschaut und am Dach im geöffneten Zustand mal ein wenig Druck ausgeübt. Wenn man es hinten am Kofferraum weiter runter drückt, bekommt man vorne massig Platz und nichts kann mehr scheuern.
Wenn du das regelmäßig machst, verschlimmert sich das Problem mit den Druckstellen neben dem heckfenster.
Ich empfehle am Anfang das Dach von außen zu öffnen und das Element mit dem Heckfenster dabei mit der Hand zu "führen". Man merkt ziemlich gut, wo es eigentlich hin soll.
(mach es so, wenn es sich anbietet... Für mal eben spontan offen kannst du auch ganz normal von innen öffnen.)
Allgemein: dein streben danach, dass das Dach tiefer im Verdeckkasten sitzt ist nicht erstrebenswert. Du hast gewiss das zweilagige Verdeck. Bei diesem ist es völlig normal, dass es etwas höher baut.