Achsvermessung ist immer der Horror, egal bei welchem Auto in der Vergangenheit.
Entweder es wird nur so halbwegs grob ins Fenster der Vorgaben gedreht oder es wird so gelassen, wenn eine Seite am obereren Ende der Vorgabe ist und eine Seite am unten Ende der Vorgabe oder es wird einfach die Hinterachse komplett ignoriert... oder oder oder.
Ich hatte Erfolg, indem ich meinem freundlichen Madza Händler vorab erklärt habe, dass ich wirklich exakt die Werte möchte, die ich mitbringe und wenn das zu viel Gefummel ist, dass es die zeitliche Vorgabe sprengt, dann zahle ich das auch gerne.
War dann zwar nicht für 100 Euro gemacht aber dafür zu meiner Zufriedenheit.
Wenn Du den Weg nach München nicht scheust, empfehle ich Dir diese Jungs. Machen einen sehr guten Job und kennen den MX-5 auch recht gut.
Wenn dir der Weg nicht zu weit ist, könnte ich Dir einen Arbeitskollegen empfehlen:
Er stellt dir die Werte so ein, wie du sie haben möchtest und ist dazu noch sehr günstig.
Er hat die Werkstatt nur nebenbei, hauptberuflich macht er das Gleiche in der Entwicklung eines bekannten Autoherstellers. 
Leider etwas schwer zu erreichen.